幼年龙眼生长旺盛，定植第1～2年可以多次抽梢，但根量少，分布浅，扩展慢，施肥的原则应为薄肥勤施，做到以肥引根、以肥养根，促进根群的发育。定植3年后，龙眼树即将进入初结果期，阶段发育将由枝叶营养生长转换成开花结果，施肥不当就容易延迟结果或适龄不结果，所以要科学地应用施肥的时期和数量来调控枝梢生长，减缓生长势，使之顺畅地进入生殖生长而开花结实；在施肥原则上就不能采取薄肥勤施，而应实施“攻头、补中、控尾”。一般说来龙眼发根的高潮多在枝梢缓慢生长、叶片大量形成之后，这种在年生长周期中的根梢交替生长的现象是由于龙眼体内营养物质调节与平衡的结果。因此，栽培上应以培肥土壤为核心的龙眼园管理，促进根系的发育和树冠的健壮是取得龙眼丰产、优质的基础。
龙眼定植后一个月即可开始施肥，这次引根肥很重要，但施用浓度不得太高，以免灼根而引起幼苗“滞呆”，可用30%腐熟人粪尿进行根际泼施。以后每隔2～3月施肥一次，全年施3～5次。定植三年后，以增加根量、促梢、壮梢为主，掌握“一梢二肥”，即枝梢顶芽萌动时施入以氮肥为主的速效肥，促进新梢迅速生长和展叶；当新梢伸长基本停止，叶色由红转绿时，施用第二次肥，促使枝梢叶片迅速转绿，提高光合效能。
施肥量多少依肥料种类、土壤性质、幼树大小而定。化肥宜少，腐熟有机土杂肥宜多；沙质土易流失，施肥宜少量多次；红壤瘦瘠地宜多。一般定植后第一年根少树小，每株每次可施复合肥25～30克，尿素20～25克，氯化钾15～20克，过磷酸钙50～70克，单施或配合施用，配合施时上述用量应酌情减少，农家肥通常用50%腐熟人粪尿，每次株施3～4千克。基肥足，管理周到的幼树，定植后一周年垂直根生长深60～80厘米，水平根距主干50厘米左右，开始形成骨干根和一定侧根，因此第二年起施肥量要相应提高，在前一年的基础上增加40%～60%。定植三年后，施肥次数要减少，施肥量要增加，一般采用重攻头，在春梢萌动前将全年用肥量的80%，做到有机、无机肥各半。以促进春梢的旺盛生长，春梢老熟后再施剩下的20%肥料，促夏梢生长。8月立秋后停肥，促进秋梢早充实，防止抽发冬梢，为顺当进入结果奠定基础。施肥方法：可在根际开个浅沟，施后覆土。旱季山地丘陵果园土壤较干，以液施或干施后淋水效果更好。
龙眼的枝、叶、果等都有不同程度的吸收肥料的能力，对树冠进行追肥，有利于满足对某种元素的急需，效果好。
常用的根外追肥的肥料种类有：尿素[CO（NH2）2]，使用浓度0.2%～0.3%溶液，对缺氮植株见效较快，3～5天就可看到叶片转绿，但缩二脲含量高的国产尿素使用多时，易引起叶片中毒。为此在尿素溶液中混入少量石灰，以减轻毒害。磷酸二氢钾（KH2P04），使用浓度为0.3%～0.5%溶液，有利促进新梢老熟，花芽分化期使用，则能提高花朵质量，增加坐果率。红壤丘陵地果园土壤缺镁、锌、硼，可喷射0.3%～0.5%硫酸镁（MgSO4）、0.15%～0.6%的硫酸锌（ZnSO4）、0.05%～0.1%硼酸（H3BO3）加以调节补充。根外追肥的效果受多种因素的影响；温度高，喷雾在叶面的肥液干得快，影响养分的渗入。空气湿度高时，养分吸收快。幼叶生理机能旺盛，且角质层比老叶薄，有利于渗透吸收。喷射时间在早、晚或灌溉后叶片气孔开放时，进行喷雾效果最佳。微量元素的使用量和浓度均要根据具体情况而定，应严格掌握防止过量中毒。植株生长旺盛比生长弱的使用浓度要高；春季或雨后宜比夏季、干燥天气的使用浓度高，嫩叶宜比老叶的使用浓度低，几种微肥混合喷洒比单一使用的浓度要低。