一、长白山自然保护区
1960年，建立长白山保护区。1986年，晋升为国家级自然保护区。属于自然生态系统类别中森林生态系统类型的自然保护区。
主要保护动物：如紫貂、东北虎、金钱豹、梅花鹿、人参、东北红豆杉、长白松。
二、卧龙自然保护区
卧龙自然保护区是国家级第三大自然保护区。四川省面积最大、自然条件最复杂、珍稀动植物最多的自然保护区。
主要保护动物：大熊猫、金钱豹、金丝猴、猕猴、藏酋猴等。

三、神农架自然保护区
保护区1982年省政府批准建立，1986年晋升为国家级，1990年加入联合国教科文组织“人与生物圈”保护区网。主要保护对象为北亚热带山地森林生态系统及特有、珍稀物种。
主要保护动物：苏门羚、獐、麝、麂、毛冠猴、大灵猫、小灵猫、花面狸、云豹、金猫、鼬獾、豪猪等。
四、博格达峰自然保护区
保护对象包括濒危动物、森林、草原、天山风景区及荒漠绿洲。是新疆维吾尔自治区第一个、中国第七个被纳入联合国“人与生物圈”网络的保护区。
主要保护动物：天鹅、雪鸡、雪豹等。
五、盐城自然保护区
1992年升级为国家级自然保护区，2007年更名为江苏盐城湿地珍禽国家级自然保护区，保护区主要保护对象为丹顶鹤等珍稀野生动物及其赖以生存的滩涂湿地生态系统。
主要保护动物：丹顶鹤、白头鹤、白鹤、东方白鹳、黑鹳、中华秋沙鸭、遗鸥、大鸨、白肩雕、金雕、白尾海雕、麋鹿、中华鲟、白鲟等。
中国自然保护区分为国家级自然保护区和地方各级自然保护区，指的是中华人民共和国境内的自然保护区，国家级自然保护区由国务院批准建立。
中国现有474处国家级自然保护区。各级自然保护地总数超过12,000个[1]。
华北地区
北京市
松山国家级自然保护区
百花山国家级自然保护区
天津市
蓟县中、上元古界地层剖面国家级自然保护区
古海岸与湿地国家级自然保护区
八仙山国家级自然保护区
河北省
雾灵山国家级自然保护区
昌黎黄金海岸国家级自然保护区
围场红松洼国家级自然保护区
泥河湾国家级自然保护区
小五台山国家级自然保护区
衡水湖国家级自然保护区
大海坨国家级自然保护区
柳江盆地地质遗迹国家级自然保护区
塞罕坝国家级自然保护区
滦河上游国家级自然保护区
茅荆坝国家级自然保护区
驼梁国家级自然保护区
青崖寨国家级自然保护区
山西省
庞泉沟国家级自然保护区
历山国家级自然保护区
芦芽山国家级自然保护区
阳城莽河猕猴国家级自然保护区
五鹿山国家级自然保护区
黑茶山国家级自然保护区
灵空山国家级自然保护区
太宽河国家级自然保护区
内蒙古自治区
大青沟国家级自然保护区
内蒙古贺兰山国家级自然保护区
呼伦湖国家级自然保护区
科尔沁国家级自然保护区
大兴安岭汗马国家级自然保护区
锡林郭勒草原国家级自然保护区
达里诺尔国家级自然保护区
西鄂尔多斯国家级自然保护区
白音熬包国家级自然保护区
赛罕乌拉国家级自然保护区
大黑山国家级自然保护区
乌拉特梭梭林－蒙古野驴国家级自然保护区
鄂尔多斯遗鸥国家级自然保护区
辉河国家级自然保护区
图牧吉国家级自然保护区
额济纳胡杨林国家级自然保护区
红花尔基樟子松林国家级自然保护区
黑里河国家级自然保护区
阿鲁科尔沁国家级自然保护区
哈腾套海国家级自然保护区
额尔古纳国家级自然保护区
鄂托克恐龙遗迹化石国家级自然保护区
大青山国家级自然保护区
高格斯台罕乌拉国家级自然保护区
古日格斯台国家级自然保护区
罕山国家级自然保护区
青山国家级自然保护区
毕拉河国家级自然保护区
乌兰坝国家级自然保护区
东北地区
辽宁省
蛇岛、老铁山国家级自然保护区
医巫闾山国家级自然保护区
白石砬子国家级自然保护区
辽河口国家级自然保护区
仙人洞国家级自然保护区
大连斑海豹国家级自然保护区
丹东鸭绿江口滨海湿地国家级自然保护区
北票鸟化石国家级自然保护区
桓仁老秃顶子国家级自然保护区
成山头海滨地貌国家级自然保护区
努鲁儿虎山国家级自然保护区
海棠山国家级自然保护区
白狼山国家级自然保护区
章古台国家级自然保护区
大黑山国家级自然保护区
葫芦岛虹螺山国家级自然保护区
青龙河国家级自然保护区
楼子山国家级自然保护区
五花顶国家级自然保护区
吉林省
长白山国家级自然保护区
向海国家级自然保护区
伊通火山群国家级自然保护区
莫莫格国家级自然保护区
天佛指山国家级自然保护区
鸭绿江上游国家级自然保护区
龙湾国家级自然保护区
大布苏国家级自然保护区
珲春东北虎国家级自然保护区
查干湖国家级自然保护区
雁鸣湖国家级自然保护区
松花江三湖国家级自然保护区
哈泥国家级自然保护区
波罗湖国家级自然保护区
靖宇国家级自然保护区
黄泥河国家级自然保护区
汪清国家级自然保护区
白山原麝国家级自然保护区
四平山门中生代火山国家级自然保护区
集安国家级自然保护区
通化石湖国家级自然保护区
园池湿地国家级自然保护区
头道松花江上游国家级自然保护区
甑峰岭国家级自然保护区
黑龙江省
扎龙国家级自然保护区
丰林国家级自然保护区
呼中国家级自然保护区
牡丹峰国家级自然保护区
兴凯湖国家级自然保护区
五大连池国家级自然保护区
洪河国家级自然保护区
凉水国家级自然保护区
饶河东北黑蜂国家级自然保护区
三江国家级自然保护区
宝清七星河国家级自然保护区
挠力河国家级自然保护区
南瓮河国家级自然保护区
八岔岛国家级自然保护区
凤凰山国家级自然保护区
乌伊岭国家级自然保护区
胜山国家级自然保护区
珍宝岛湿地国家级自然保护区
红星湿地国家级自然保护区
双河国家级自然保护区
东方红国家级自然保护区
大沾河湿地国家级自然保护区
穆棱东北红豆杉国家级自然保护区
新青白头鹤国家级自然保护区
绰纳河国家级自然保护区
多布库尔国家级自然保护区
友好国家级自然保护区
小北湖国家级自然保护区
三环泡国家级自然保护区
乌裕尔河国家级自然保护区
中央站黑嘴松鸡国家级自然保护区
茅兰沟国家级自然保护区
明水国家级自然保护区
太平沟国家级自然保护区
老爷岭东北虎国家级自然保护区
大峡谷国家级自然保护区
北极村国家级自然保护区
公别拉河国家级自然保护区
碧水中华秋沙鸭国家级自然保护区
翠北湿地国家级自然保护区
盘中国家级自然保护区
平顶山国家级自然保护区
乌马河紫貂国家级自然保护区
岭峰国家级自然保护区
黑瞎子岛国家级自然保护区
七星砬子东北虎国家级自然保护区
仙洞山梅花鹿国家级自然保护区
朗乡国家级自然保护区
细鳞河国家级自然保护区
华东地区
上海市
九段沙湿地国家级自然保护区
崇明东滩鸟类国家级自然保护区
江苏省
盐城沿海滩涂珍禽国家级自然保护区
大丰麋鹿国家级自然保护区
泗洪洪泽湖湿地国家级自然保护区
浙江省
天目山国家级自然保护区
南麂列岛海洋国家级自然保护区
凤阳山－百山祖国家级自然保护区
乌岩岭国家级自然保护区
临安清凉峰国家级自然保护区
古田山国家级自然保护区
大盘山国家级自然保护区
九龙山国家级自然保护区
长兴地质遗迹国家级自然保护区
象山韭山列岛国家级自然保护区
安吉小鲵国家级自然保护区
安徽省
参见：安徽省自然保护区列表
扬子鳄国家级自然保护区
古牛绛国家级自然保护区
鹞落坪国家级自然保护区
升金湖国家级自然保护区
金寨天马国家级自然保护区
铜陵淡水豚国家级自然保护区
清凉峰国家级自然保护区
古井园国家级自然保护区
福建省
武夷山国家级自然保护区
梅花山国家级自然保护区
深沪湾海底古森林遗迹国家级自然保护区
将乐龙栖山国家级自然保护区
厦门珍稀海洋物种国家级自然保护区
虎伯寮国家级自然保护区
梁野山国家级自然保护区
天宝岩国家级自然保护区
漳江口红树林国家级自然保护区
戴云山国家级自然保护区
闽江源国家级自然保护区
君子峰国家级自然保护区
雄江黄楮林国家级自然保护区
闽江河口湿地国家级自然保护区
茫荡山国家级自然保护区
汀江源国家级自然保护区
峨嵋峰国家级自然保护区
江西省
鄱阳湖候鸟国家级自然保护区
井冈山国家级自然保护区
桃红岭梅花鹿国家级自然保护区
江西武夷山国家级自然保护区
九连山国家级自然保护区
官山国家级自然保护区
鄱阳湖南矶湿地国家级自然保护区
马头山国家级自然保护区
九岭山国家级自然保护区
齐云山国家级自然保护区
阳际峰国家级自然保护区
赣江源国家级自然保护区
庐山国家级自然保护区
铜钹山国家级自然保护区
婺源森林鸟类国家级自然保护区
南风面国家级自然保护区
山东省
山旺古生物化石国家级自然保护区
长岛国家级自然保护区
黄河三角洲国家级自然保护区
马山国家级自然保护区
滨州贝壳堤岛与湿地国家级自然保护区
荣成大天鹅国家级自然保护区
昆嵛山国家级自然保护区
中南地区
河南省
鸡公山国家级自然保护区
宝天曼国家级自然保护区
新乡黄河湿地鸟类国家级自然保护区
伏牛山国家级自然保护区
焦作太行山猕猴国家级自然保护区
董寨国家级自然保护区
南阳恐龙蛋化石群国家级自然保护区
黄河湿地国家级自然保护区
连康山国家级自然保护区
小秦岭国家级自然保护区
丹江湿地国家级自然保护区
大别山国家级自然保护区
高乐山国家级自然保护区
湖北省
神农架国家级自然保护区
长江新螺段白D豚国家级自然保护区
长江天鹅洲白