当前，普遍流行的奶牛传染病主要有：一类传染病口蹄疫，二类传染病副伤寒、布鲁氏菌、结核、副结核，三类传染病黏膜病、流行热等，其他传染病大肠杆菌病等。
（1）具体防疫措施
主要包括两个方面：一方面是平时的预防措施；另一方面是发生传染病时的扑灭措施。
①平时预防措施
加强牛群的饲养管理，根据不同种类的牛群给予相应的饲料营养，从而提高奶牛机体抵抗力。尽量坚持自繁自养的原则，把好引进奶牛关。如果必须引进奶牛，一定要从非疫区引进，并且切实做好逐头产地检疫，证明无传染病才能引进。入群前还要隔离观察两个月，必要时再做一次检疫，证明无传染病才能与原来的牛群混群饲养。建立牛场隔阻消毒制度，把好牛场入门关。奶牛场的大门不能畅通无阻，必须设置隔离，入场的人员、车辆必须进行消毒，消毒池内经常保持有效浓度和数量的消毒药液（2%的火碱或4%的来苏儿，冬季可以用生石灰）。人员要用紫外线消毒灯照射10分钟左右或用0.2%次氯酸钠洗手。对牛舍、周边环境、运动场地面、饮水槽、料槽或料道仔细清扫刷洗后用消毒液进行消毒（如百毒杀、1210消毒液、84消毒剂、次氯酸钠等）。建立定期检疫和免疫制度，查出传染来源，保护健康牛群。奶牛场要在每年春、秋两季进行两次布鲁氏菌病和结核病的检疫。每年要进行两次口蹄疫疫苗注射。如果当地还有其他传染病，同样要在检疫后对阴性牛进行疫苗注射（如流行热疫苗、炭疽菌苗、布鲁氏菌菌苗、黏膜病疫苗等）。如果从外地引进牛，检疫完毕后要根据当地实际情况对健康牛进行免疫，同时淘汰阳性牛。
②传染病发生时的扑灭措施
发现传染病牛，应立即隔离。隔离期间继续观察诊断，必要时给予对症治疗。对隔离病牛要设专人饲养和护理，使用专用的饲养用具，并禁止其接触健康牛群。及时报告疫情。发现应该上报的传染病时，应及时向上级业务部门报告疫情，详细汇报病畜种类、发病时间、发病地点、发病头数、死亡头数、临床症状、剖检病变（对炭疽病等急性传染病要禁止剖检，特别情况须剖检的要做好消毒工作，防止污染环境使其扩散传染）、初诊病原以及采取的防治措施等。必要时应通报临近地区，以便共同防范，防止疫病扩散。全面彻底消毒，对病牛所在的牛舍及活动场所、接触过的用具进行严格的消毒。病牛污染的饲料经消毒后销毁，病牛排出的粪便应集中到指定地点堆积发酵和消毒。对同牛舍或同群的其他牛只逐头进行临床检查，必要时进行血清学诊断，以便及早发现病牛。对多次检查无临床症状，血清学诊断为阴性的牛要进行紧急预防接种，以保护健康牛群。对死亡牛的尸体要严格按照防疫法规定进行无害化处理销毁、焚烧或深埋。对严重病牛及无治疗价值的病牛应及时淘汰处理，以便尽早消灭传染源。发生危害严重的传染病时应报请政府有关部门划定疫区、疫点，经批准后在一定范围内实行封锁，以免疫情扩散。封锁行动要果断迅速，封锁范围不宜过大，封锁措施要严密。
（2）部分传染病的流行特点及防治原则
①口蹄疫是由口蹄疫病毒引起，主要感染偶蹄家畜和偶蹄野生动物，以口腔、蹄部和乳房皮肤（主要是乳头）发生水泡和糜烂为特征的急性、热性、高度接触性传染病。虽然多呈良性经过，但由于易感动物多、传播速度快、流行范围广，而且人畜共患，因此是一种危害严重的传染病。该病主要的流行特点是传染性强、传染来源多、流行速度快、发病率高、死亡率低且有一定的季节型。所以防治主要采取综合措施，扑杀病畜杜绝传染来源，并根据流行毒型进行免疫接种。目前有效的疫苗注射能够基本控制该病的继续发展。
②布鲁氏菌病是由布鲁氏菌引起的以流产和产后感染、关节肿痛为特征的人畜共患慢性传染病，羊、牛和猪为易感动物。该病可由易感动物传染给人，尤以羊型感染力最强，而且危害很大。目前该病在我国一些地区尤其是牧区有明显抬头趋势。该病可通过流产及流产胎儿和胎衣的病变进行初步诊断，确诊需要进行血清学试验进行检查（平板凝集试验、试管凝集试验、全乳环状试验）。对该病防治的原则是把好奶牛引进关，每年检疫两次，及时淘汰阳性牛和病牛。必要时接种S19（牛）菌苗（布鲁氏菌菌苗有残余毒力，可引起人和动物感染，使用时要做好防护，并严格消毒用具）。发现流产牛要先隔离并尽快确诊，对病牛产的犊牛要隔离饲养。
③结核病是由结核杆菌引起，以病变组织形成结节性肉芽肿和干酪样坏死灶为特征的人畜共患慢性传染病。家畜中以牛最易感，特别是奶牛，人和牛的结核可互相传染。结核杆菌分牛型、人型和禽型。牛结核主要由牛型结核菌引起，也可感染人型菌和禽型菌，但致病力较弱。牛型菌主要感染牛也可感染猪和人，但不感染禽。人型菌主要感染人，也可感染牛和猪，但不感染禽。禽型菌主要感染禽，也可感染牛、猪和人。该病的诊断要点主要是：渐进性消瘦，体表淋巴肿大，肺部听诊、叩诊异常，顽固下痢。检疫方法主要是采用提纯牛型结核菌素作皮内注射观察变态反应。对该病主要采取检疫、隔离、消毒、扑杀和培育健康犊牛的方法进行防治。
④副结核病也叫副结核性肠炎，主要发生在牛中的一种慢性传染病，其显著的特征是顽固性腹泻和逐渐消瘦，肠黏膜增厚并形成皲裂。本病在一般养牛地区都可能存在。早期症状为间断性腹泻，以后变为经常性、顽固性腹泻，排泄物稀薄、恶臭，带有气泡、黏液和血凝块。早期食欲正常，精神也好，以后食欲有所减退，逐渐消瘦，眼窝下陷，精神不好，经常躺卧，泌乳量逐渐减少，最后完全停止，皮肤粗糙，被毛粗乱，下颌及垂皮可见水肿，体温常无变化。腹泻有时暂停，排泄物恢复正常，体重有所增加，然后再腹泻，给青绿饲料可加剧腹泻症状，如腹泻不止，经3～4个月可因衰竭而死亡。病牛往往在感染后期才出现症状，因此用药治疗似无意义，预防本病在于加强饲养管理，特别对幼年牛更要注意给予充足的营养，以增强其抵抗力，不要从疫区引进牛只；如已引进，则必须检查，确认健康时方可混群。对曾有过病史的假定健康牛群，在随时做好观察，定期进行临床检查的基础上，对所有牛只，每年隔3个月做一次检查，连续3次合格者，可视为健康牛，对检查不合格者和临床症状明显的排菌牛应隔离分批扑杀。被污染的牛舍、栏杆、饲槽、用具、绳索、运动场，要用生石灰、来苏儿、苛性钠、漂白粉、石炭酸等消毒液进行喷雾或冲洗；粪便应堆积高温发酵后做肥料。
⑤沙门氏菌病，又名副伤寒，临诊上多表现为败血症和肠炎，也可使妊娠母畜发生流产。不仅对牲畜的繁殖和幼畜的健康带来严重的威胁，有些沙门氏菌，可以使人感染和发生食物中毒，应引起注意。症状：成年牛常以40～41℃高热，昏迷，食欲废绝，脉频数、呼吸困难开始，体力渐衰，大多数病例在发病后12～24小时时，粪便中带血块，不久变下痢，粪便恶臭，含有纤维素片，间有黏液团或黏膜排出，下痢开始后体温降至正常或略高，病牛可在24小时内死亡，多数在1～5天内死亡，病期延长者见脱水、消瘦、眼窝下陷、可视黏膜充血和发黄，病牛有腹痛，妊娠母牛发生流产（从流产胎儿检查可发现本菌），一些病例可以恢复，有些牛发热，食欲消失，精神委顿，产奶量下降，经24小时后这些症状可以减退。还有些牛呈隐性经过，仅从粪便排出病菌，但数天后停止排菌。主要病变为出血性肠炎及肺炎的病理变化。犊牛：若在牛群中有带菌的母牛，则可于出生48小时即表现拒食、卧地不起、迅速衰竭，常于3～5天夭亡，尸检无特殊变化，但从血液和内脏器官可以分理处沙门氏菌。多数犊牛在出生后10～14天发病，病初体温达40～41℃，24小时后排出灰黄色液状粪便，混有黏液和血丝，一般在出现病症后5～7天内死亡。有时死亡率可达50%，有时多数可恢复，病期长的腕关节和跗关节可能肿大，还有支气管炎和肺炎症状。预防：本病应加强饲养管理，消除发病诱因，保持饲料和饮水的清洁卫生，可用犊牛副伤寒疫苗。治疗：可选用土霉素、磺胺二甲基嘧啶等并给予对症治疗，如输液，强心。沙门氏菌可传染给人，如因吃类病畜和带菌动物未经充分加热消毒的乳制品而发生中毒，潜伏期7～24小时，也可延长到数天，菌数愈多，毒力愈强，症状出现愈早，突然发烧，体温升高，伴有头痛、寒战、恶心、呕吐、腹痛和严重腹泻。