银耳瓶栽用的玻璃瓶，可以连续使用，降低成本；1瓶长1朵，朵大形状好，产量高，品质优。不足之处是瓶子笨重，操作不便，架层设施要加固，管理上多费工时。小规模生产较为适宜。具体操作方法：
（1）选瓶洗净
采用500克水果罐头瓶或750克药瓶作栽培瓶。这些瓶可向收购站购买，其成本低廉，购回时用漂白粉水进行洗刷，然后用清水多次冲洗，或用2%高锰酸钾溶液清洗消毒，使其无氯气味即可。
（2）装料灭菌
配方拌料按常规。将培养料装至离瓶口1厘米后，用打洞棒，在瓶内料中打1个宽直径1.2厘米、深2～3厘米的接种穴，擦去瓶壁残物。用比瓶口大些的塑料薄膜盖面，再用1张等同规格的牛皮纸覆盖在薄膜上面，然后用橡皮圈扎紧瓶口即可。每100千克棉籽壳干料可装800瓶。将装料后的瓶子放到高压灭菌锅内，在147千帕的压力，保持1.5小时灭菌。也可在常压灭菌灶内，经100℃保持16小时灭菌，然后趁热卸瓶散热。
（3）接种培养
接种时打开瓶口封盖物，在无菌条件下，将菌种接入穴中，顺手将封盖物包好扎牢。由于瓶壁厚散热差，发菌时室温一般比袋栽的调低1～2℃为妥，即头3天不超过28℃，4天后不超过26℃。
（4）套高增氧
约经12天培养后，菌丝占瓶料2/3时，将瓶口上的塑料薄膜取掉，把原牛皮纸拉高，套在瓶口上，形成套筒式，让氧气在一定的空间内透入基内，促使菌丝加快生长。此时室温应控制在20～23℃并保持2～3天，有利原基发生。
（5）出耳管理
瓶栽银耳由于重量较大，应加固栽培架，防止超负荷而倒塌。经过套高增氧后，每天向瓶口套纸上喷水4～5次，使套纸湿润。空间相对湿度保持在90%～95%。出耳后去掉套纸，用旧报纸盖住表面，并喷水保湿，室温保持在23～25℃。瓶栽银耳子实体的成熟比袋栽慢2～3天，其朵大形好，品质优。